Sequências reguladoras importantes para replicação viral localizadas em cada terminação do genoma do HIV. A LTR (long terminal repeat) inclui o AMPLIADOR HIV, o promotor e outras sequências. As regiões específicas na LTR incluem o elemento regulador negativo (NRE: negative regulatory element), sítios de ligação NF-kappa B e Sp1, TATA BOX e elemento responsivo transatuante (TAR: trans-acting responsive element). A ligação das proteínas celular e viral a estas regiões regula a transcrição do HIV.